Štrukturálne fondy pre Slovensko sú rozdelené na niekoľko kategórií, preto je pre každého záujemcu veľmi dôležité, aby svoju požiadavku správne formuloval a umiestnil do príslušnej kategórie. Projekt je treba vypracovať odborne, radšej s pomocou odborníkov na ekonómiu a právo, pretože aj najmenšia chyba môže znamenať vrátenie a minimálne ročné zdržanie potrebných požiadaviek. Regiónu Záhorie sa týkajú najmä tieto štrukturálne fondy:
1/ Rámec podpory spoločenstva – ide o dohodu medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o prioritách pri použití financovania zo štrukturálnych fondov. Zahŕňa oblasti: Rómska problematika, Rovnosť príležitostí, Trvalo udržateľný rozvoj, Životné prostredie.
2/ Sektorový operačný program Ľudské zdroje – je zameraný na problematiku nezamestnanosti v jednotlivých regiónoch, podporu znevýhodnených občanov na trhu práce a pod. Je financovaný prostredníctvom Európskeho sociálneho fondu. Je využívaný úradmi práce, ktoré vďaka nemu môžu organizovať rôzne poradenské akcie pre nezamestnaných občanov, vydávať informačné materiály atď.
3/ Sektorový operačný program Priemysel a služby – preferuje podporu konkurencieschopnosti podnikov a tiež je zameraný na rozvoj cestovného ruchu. Je jedným z najvyužívanejších nielen v mestách, ale najmä v obciach, ktoré sa mienia orientovať na poskytovanie služieb turistom.
4/ Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo a rozvoj vidieka – sleduje zvýšenie konkurencieschopnosti a kvality poľnohospodárskej výroby a podporu rozvoja vidieka, podporu produktového poľnohospodárstva, podporu trvalo udržateľného rozvoja vidieka. Patrí tiež k využívaným a žiadaným zdrojom.
5/ Interreg III – Rakúsko – Slovenská republika. Jeho cieľom je zlepšenie cezhraničnej spolupráce regiónov, rozvoj a podpora podnikovej infraštruktúry v hraničnej oblasti, spoločenstvo malých a stredných podnikov a poradenstvo pre malých a stredných podnikateľov, turistiku a oddych, zlepšenie cezhraničnej dopravy a telekomunikačnej infraštruktúry, ako aj organizáciu dopravy, technického zabezpečenia a logistiky.
6/ Interreg III . Česká republika – Slovenská republika – funguje za rovnakých podmienok ako spolupráca sRakúskom.
